本院置院長一人，應具中醫臨床及大學學術主管相關經驗，專任，任期四年，期滿得續聘一次，由董事長提請董事會通過後聘任之；解聘時，亦同。
院長依本院規章、董事會之決議及董事長之授權，負責本院營運與管理業務之執行及督導依第四條第一項規定附設醫療機構，並應列席董事會會議。
第十條第四項、第十七條及第二十二條第六款有關董事及董事長之規定，於院長準用之。