資訊室掌理事項如下：
一、出進口廠商登記、輸出入貨品簽審、原產地證明等資訊業務系統之開發、維運及管理。
二、本署資訊業務規劃、應用服務系統之開發、維運及管理。
三、本署電腦機房、網路與資通訊設備之規劃、建置及維護。
四、本署資通安全業務之規劃及推動。
五、其他有關資訊事項。