本分署設下列科、室、中心：
一、計畫科。
二、品管科。
三、工務科。
四、水環科。
五、經管科。
六、養護科。
七、資產科。
八、秘書室。
九、人事室。
十、政風室。
十一、主計室。
十二、石門水庫管理中心。
十三、寶山第二水庫管理中心。
十四、多元水資源管理中心。