河海科掌理事項如下：
一、河川整體治理工程之調查規劃及計畫之擬訂。
二、河川治理技術之研究發展。
三、河川環境營造及生態調查之規劃。
四、海岸變遷調查及防護之規劃。
五、河川海岸情勢之調查研究。
六、河川區域、海堤區域之圖籍製作及建檔維護。
七、其他有關河川海岸事項。