主任工程司權責如下：
一、重大水利規劃計畫之策劃。
二、公共建設計畫執行之督導及考核。
三、工程部門文稿之綜核及代判。
四、工程部門機密及重要文件之處理。
五、工程部門各單位之協調及權責問題之核議。
六、其他交辦事項。