核能管制處分設五科，各科掌理事項如左：
一、管制科：
（一）核子燃料有關之執照核發事項。
（二）核子設施試運轉、起動運轉、功率運轉及停機期間之管制及相關執照之核發事項。
（三）核子設施運輸人員執照核發事項。
（四）核子反應器運轉期間駐廠視察事項。
（五）核子設施異常事件報告之評估及管制事項。
（六）核子設施肇因分析報告之評估及管制事項。
（七）核子設施運轉規範變更之審查及管制事項。
（八）核子設施列管案件之追蹤稽核事項。
（九）核子設施訓練中心之視察及考核事項。
二、檢驗科：
（一）核子設施系統及其設備採購、製造、運輸、安裝、施工、測試之管制及視察事項。
（二）核子反應器大修作業之管制及視察事項。
（三）核子設施預防保養及維護作業之管制及視察事項。
（四）核子設施設備驗證之管制事項。
（五）核子反應器核能同級品零組件檢證作業之管制事項。
（六）核子設施設備故障調查與改正追蹤事項。
（七）核子反應器維修包商資格檢定之稽查及管制事項。
（八）核子反應器建造、營運期間檢測及測試監查作業之管制事項。
（九）核子設施安全度評估之應用及管制事項。
（十）其他核子設施之視察事項。
三、規範科：
（一）核子設施有關設計、建造及運轉等法規、技術規範及指引之評估事項。
（二）核能安全管制資訊蒐集及評估事項。
（三）執行核能安全管制法規之解釋事項。
（四）核子設施安全諮詢委員會業務推行事項。
（五）核能安全有關表揚業務擬辦事項。
（六）核能管制資訊交流之規劃及執行事項。
（七）核能管制業務資料之彙整及追蹤事項。
（八）核能管制資訊電腦化作業之辦理事項。
（九）核子設施運轉經驗回饋相關之管制事項。
（十）其他核能安全管制有關業務事項。
四、審查科：
（一）核子燃料之執照審查、使用及廠內貯存有關之安全管制事項。
（二）核子設施設置、廢棄、轉讓、拆卸之審查事項。
（三）核子設施初期、終期安全分析報告及其內容變更之審查事項。
（四）核子設施十年現況評估報告及使用執照更新申請之審查事項。
（五）核子反應器燃料再填換安全分析之審查事項。
（六）核子設施暫態與事故分析之審查事項。
（七）核子設施場址相關之管制事項。
（八）新建核子設施審查及管制事項。
（九）核子設施除役之審查及管制事項。
（十）其他核子設施安全審查事項。
五、品質科：
（一）核子設施安全管制視察員資格檢定之相關事項。
（二）核電廠運轉人員測驗官資格檢定之相關事項。
（三）與國外核管單位合作交流事項。
（四）核子設施品質保證作業之稽查事項。
（五）核子設施運轉人員與維護人員訓練及再訓練之稽查及管制事項。
（六）核子設施設計變更之審查事項。
（七）辦理核能管制技術專業訓練及訓練績效考核之相關事項。
（八）核子設施視察導則及訓練教材之彙整及管理事項。
（九）核子反應器低密度人口區相關之管制事項。
（十）其他核能安全管制訓練有關事項。