秘書處分設四科，各科掌理事項如左：一、文書科：(一)文書處理及行政研考等相關規章之研議事項。
(二)公文收發、分配等事項。
(三)公文繕校事項。
(四)公文稽催、查詢等事項。
(五)委員會議、業務及主管會報等議事事項。
(六)一般性會報紀錄之整理及決議案件之通知分辦事項。
(七)印信典守事項。
(八)所屬機關印信之請發、核驗等事項。
(九)行政業務研考事項。
(十)文書資訊管理系統之處理事項。
(十一)本會公文時效之管制事項。
(十二)各處室登記桌之協調、管理等事項。
(十三)其他有關文書處理及行政研考等事項。
二、事務科：(一)營繕工程及財產物品之購置、定製、變賣、維修、驗收、登記、管理、清點及報廢等事項。
(二)警衛、駕駛、技工、工友之管理、訓練及考核等事項。
(三)公務車輛之管理調派事項。
(四)公務出國手續之洽辦事項。
(五)水電、空調等設施之維護管理事項。
(六)電話之裝置維修等事項。
(七)辦公用品之保管發放等事項。
(八)辦公廳舍之管理及環境清潔之維護事項。
(九)消防、防空及門禁等安全管理事項。
(十)各種集會場所之調配、佈置等事項。
(十一)本會及所屬機關之事務工作檢核事項。
(十二)公共關係及新聞發布事項。
(十三)其他不屬各科掌理事項。
三、檔案科：(一)本會檔案管理及微縮作業等相關規章之研議事項。
(二)檔案之點收、整理、分類、立案、登記、裝訂、典藏、保護、借調、應用及清理等事項。
(三)公文歸檔之稽催事項。
(四)檔案之微縮作業及其管理等事項。
(五)微縮片之檢索、調閱及複印等事項。
(六)檔案資訊系統之處理事項。
(七)其他檔案管理與微縮作業等相關事項。
四、出納科：(一)現金、票據、證券、存款、借據等件之收支、保管及移轉等事項。
(二)現金出納帳、國庫銀行往來帳之登記、結算等事項。
(三)本會各項證照收入之保管、解繳等事項。
(四)發放員工薪津、差旅費、加班費等事項。
(五)本會外匯結匯事項。
(六)現金收支表冊之編造事項。
(七)所得稅、代辦費及各項貸款等扣繳、申報事項。
(八)零用金之結報、登帳等事項。
(九)其他有關出納管理事項。
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