綜合計畫處分設六科，各科掌理事項如左：
一、計畫科：
（一）原子能科技發展政策及方案之規劃、研擬、協調及推動事項。
（二）原子能科技發展中長程計畫之規劃、彙整、推行及建檔事項。
（三）年度施政計畫之規劃、編審、聯繫及推行事項。
（四）國內有關原子能科學機構科技合作之規劃、協調及聯繫事項。
（五）原子能研究機構設置之規劃及原子能業務財團法人設立許可之審查、監督、協調及聯繫事項。
（六）原子能科技專利權讓與及合作事項。
（七）電腦資訊業務之規劃、推行等統籌事項。
（八）有關兩岸原子能事務交流之研辦事項。
（九）其他本會計畫相關事項。
二、管考科：
（一）原子能科技發展中長程計畫、年度施政計畫之管制考核事項。
（二）行政院院會決定、決議及院長指示有關本會原子能科技之追蹤、管制事項。
（三）本會原子能科技重要方案、計畫、會議結論、出國報告及列管案件之追蹤、管制事項。
（四）本會原子能科技管制考核制度之研究發展事項。
（五）本會原子能科技年度工作之考成事項。
（六）本會原子能科技業務報告、列管案件進度報告之編印事項。
（七）其他本會管考相關事項。
三、國際事務科：
（一）與國外有關原子能科學機構科技合作之規劃、協調及聯繫事項。
（二）國際原子能資料之蒐集事項。
（三）與原子能有關國際人士訪問之統籌聯絡事項。
（四）國內原子能學者專家出國考察、受訓及參加會議之聯繫及安排事項。
（五）與駐外相關單位及本會駐外人員業務之協調及聯繫事項。
（六）國際原子能會議之規劃、協調及聯繫事項。
（七）其他本會國際事務相關事項。
四、編制科：
（一）原子能科技人才儲訓之統籌事項。
（二）原子能科技專業人員訓練之規劃與協調事項。
（三）原子能展覽之籌劃、輔導及擬辦事項。
（四）原子能科學教育推廣與輔導之研究及規劃事項。
（五）有關原子能資訊之溝通及相關研討會之擬辦事項。
（六）原子能科技資料之彙整及圖書、雜誌等管理事項。
（七）原子能書刊、出版品之編輯及出版之統籌事項。
（八）其他編訓相關事項。
五、緊急應變科：
（一）核子設施緊急應變管制規範之蒐集與擬訂事項。
（二）核子設施緊急應變計畫相關之管制事項。
（三）與國外核子事故緊急應變計畫機構之技術合作、交流之規劃、協調及聯繫事項。
（四）核子事故緊急應變計畫演習及相關人員訓練之督導事項。
（五）核子事故民眾防護措施規劃之督導事項。
（六）有關核子設施之核子損害相關業務之協調、聯繫事項。
（七）其他核子設施緊急應變相關事項。
六、核子保防科：
（一）國際核子保防事務之聯繫、監督及擬辦事項。
（二）核子保防管制規範之蒐集與擬訂事項。
（三）核物料保防之監督、管制及視察事項。
（四）核子保防人員訓練之規劃及研辦事項。
（五）核能高科技原料及產品輸入、輸出之審核及管制事項。
（六）其他核子保防相關事項。