會計室設三科，各科分別掌理下列事項：
一、第一科（一）年度概算、預算、決算報告之編製。
（二）付款憑單、轉帳憑單、支出收回書及記帳憑證之編製。
（三）經費類收支案件之現金出納、總分類帳、明細分類帳之登錄，及會計報表之編製。
（四）經費憑證之送審。
（五）歲入類會計作業。
（六）財產統制帳相關增減單據與表報會核、傳票編製、登載及憑證整理。
（七）其他預算會計相關事項。
二、第二科（一）預算經費動支案件之核簽登記。
（二）營繕工程、勞務委任、購置定製變賣財物之監標、監驗。
（三）經費收支原始憑證之審核及契約草案之核簽。
（四）辦理經費流用及歲出應付款保留案件之申請編報。
（五）庫存現金、票據、有價證券、零用金及其他財物盤點之查核。
（六）有關財物會計規章之研擬。
（七）其他會計審核相關事項。
三、第三科（一）專戶存款案件經費核撥、單據審核結報。
（二）專戶存款案件記帳憑證之編製、各項憑證之整理、保管、彙送與銀行對帳資料之核對及未結案件之催辦。
（三）專戶存款案件序時帳、明細分類帳之登錄、外匯結匯及收支備查登記。
（四）會計人員管理。
（五）統計業務之規劃設計、統計資料之蒐集、整理、分析、編報管理及業務概況資料之彙整擬辦等。
（六）其他專戶存款及統計相關事項。