秘書室設四科，各科分別掌理下列事項：
一、文書科（一）文件收發、登記、分配事項。
（二）印信典守事項。
（三）公文之繕印校對事項。
（四）檔案文卷之點收、稽催、分類、編卷、處理與影像建立及線上查詢。
（五）公文稽催時效管制等事項。
（六）文書資訊管理系統之處理事項。
（七）其他有關文書業務事項。
二、管理科（一）採購案件之登記、審查及管制。
（二）採購專業審查委員會之秘書作業。
（三）財物採購之招標、訂約、履約管理及協助驗收。
（四）工程、勞務採購之招標、訂約。
（五）財物及勞務採購案之經費結報。
（六）採購招標及履約爭議處理。
（七）採購文件之保存管理事項。
（八）財產、物品之登記、分類及管理。
（九）財產、物品之調配、清點、保險、庫儲管理、報廢會辦及廢品處理事項。
（十）不動產之管理事項。
（十一）採購、財產、物品管理業務之電腦化規劃。
（十二）代辦其他機關委託之採購及財產管理。
（十三）其他有關財產及採購管理業務事項。
三、事務科（一）行政管理經費之編列及管制。
（二）技工、工友之管理。
（三）公務車輛之管理調派。
（四）防護團綜合業務。
（五）員工活動中心管理。
（六）公務出國手續之洽辦。
（七）警衛管理及督導。
（八）門禁管制。
（九）宿舍（含招待所）管理事項。
（十）電話交換機管理及管制等事項。
（十一）所區環境清潔及美化綠化。
（十二）有關事務業務事項。
四、出納科（一）現金、票據、有價證券等之收支、保管及移轉。
（二）現金出納收支備查簿之登載、國庫銀行往來帳單之調節、表報之編造等事項。
（三）員工薪餉、差旅費、加班費等之發放。
（四）所得稅及其他代扣款之扣繳。
（五）各類款項收支帳表之編造。
（六）各類外幣之結匯、購。
（七）其他有關出納業務事項。