醫學研究部掌理事項如下：
一、醫學研究發展計畫之策訂、執行、研究經費分配與控制、成果收集統計及產學合作技術移轉。
二、支援建教合作醫療院所有關醫學研究之教學相關業務。
三、其他有關醫學研究事項。