本基金設榮民醫療作業基金管理會（以下簡稱本會），置委員十五至十七人，其中一人為召集人，由退輔會副主任委員兼任；其餘委員，由退輔會、榮民總醫院或所屬分院、行政院外交國防法務處、行政院主計總處、衛生福利部、財政部等機關（單位）指派代表組成。
本會委員任一性別比例不得少於委員總人數三分之一。
本會每四個月開會一次，必要時得召開臨時會議，均由召集人召集之，並得邀請有關人士列席；召集人不能出席時，由召集人指派委員一人代理。