本會設下列處、室：
一、綜合規劃處，分三科辦事。
二、海洋資源處，分三科辦事。
三、海域安全處，分三科辦事。
四、科技文教處，分三科辦事。
五、國際發展處，分三科辦事。
六、秘書室。
七、人事處，分二科辦事。
八、政風處。
九、主計處，分二科辦事。
十、資訊室。