海洋委員會（以下簡稱本會）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
主任委員綜理會務，並指揮、監督所屬機關（構）及人員；副主任委員襄助主任委員處理會務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
技監、參事權責如下：一、法規制（訂）定、修正、廢止案件之研議及會核。
二、計畫、方案之研議及會核。
三、各種法規審查及研究會議之出席。
四、業務研究改進之諮詢及建議。
五、其他交辦事項。
本會設下列處、室：一、綜合規劃處，分三科辦事。
二、海洋資源處，分三科辦事。
三、海域安全處，分三科辦事。
四、科技文教處，分三科辦事。
五、國際發展處，分三科辦事。
六、秘書室。
七、人事處。
八、政風處。
九、主計處。
十、資訊室。
綜合規劃處掌理事項如下：一、國家總體海洋政策之統合規劃、協調及推動。
二、跨機關之海洋事務政策、計畫與重大措施之規劃、協調、諮詢及審議。
三、國內外海洋事務發展情勢研析與政策措施之研擬及評估。
四、海洋基本法令之研究、規劃、協調及推動。
五、海洋資料彙整、統合研究、應用之規劃及協調。
六、本會施政策略、國家發展計畫、年度施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、協調、管考及評估。
七、民間海洋團體辦理活動之補助。
八、法制、訴願及國家賠償業務之處理。
九、其他有關綜合規劃事項。
海洋資源處掌理事項如下：一、海洋空間規劃設計、審議之協調及推動。
二、海洋生物資源管理、永續發展之統合、協調及推動。
三、海洋非生物資源之探勘、開發與永續利用之統合、協調及推動。
四、海洋產業發展之統合、協調及推動。
五、其他有關海洋資源之統合及協調事項。
海域安全處掌理事項如下：一、海域安全之統合規劃、協調及推動。
二、海岸安全之統合規劃、協調及推動。
三、海洋權益維護執法事務之統合、協調及推動。
四、海事安全維護事務之統合、協調及推動。
五、其他有關海域及海岸安全事項。
科技文教處掌理事項如下：一、國家海洋教育發展策略規劃、協調及推動。
二、國家海洋文化推展策略規劃、協調及推動。
三、海洋文化資產保存、保護、管理之統合及協調。
四、海洋科技專案計畫先期統合規劃及協調。
五、海洋科技專案計畫成果與績效指標之追蹤及評估。
六、海洋科技專案計畫研究成果之推廣及應用。
七、海洋相關人力資源發展之統合及協調。
八、其他有關科技文教之統合及協調事項。
國際發展處掌理事項如下：一、海洋國際公約內國法化之統合及協調。
二、海洋國際公約、組織參與之統合及協調。
三、對外海洋事務合作、交流與支援之統合及協調。
四、海洋相關國際會議、出國訓練、研習與考察之統合及協調。
五、其他有關海洋國際發展之統合及協調事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡與媒體公關事務之政策規劃、分析、研擬及執行。
四、工友（含技工、駕駛）之管理。
五、其他不屬各處、室事項。
資訊室掌理事項如下：一、本會所屬機關（構）資訊應用服務策略規劃、協調及推動。
二、本會所屬機關（構）資訊應用環境之規劃及管理。
三、本會所屬機關（構）資通安全之規劃及推動。
四、其他有關資訊事項。
本會處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。