第5條本會設下列處、室：一、綜合規劃處，分三科辦事。二、海洋資源處，分三科辦事。三、海域安全處，分三科辦事。四、科技文教處，分三科辦事。五、國際發展處，分三科辦事。六、秘書室。七、人事處。八、政風處。九、主計處。十、資訊室。