本署之次級機關及其業務如下：
一、各地區分署：執行轄區之海域及海岸巡防事項。
二、偵防分署：執行海域、海岸犯罪及安全調查事項。
海洋委員會海巡署組織法 第5條
第5條
其他條文
全文- 第1條海洋委員會為辦理海域及海岸巡防業務，特設海巡署（以下簡稱本署）。
- 第2條本署掌理下列事項：一、海洋權益維護之規劃、督導及執行。二、海事安全維護之規劃、督導及執行。三、入出港船舶或其他水上運輸工…
- 第3條本署置署長一人，由海洋委員會副主任委員其中一人兼任；副署長三人，職務列簡任第十二職等至第十三職等。
- 第4條本署置主任秘書，職務列簡任第十一職等至第十二職等。
- 第6條本署因應勤務需要，得設勤務單位。
- 第7條本署為應業務需要，得報請行政院核准，派員駐境外辦事，並依駐外機構組織通則規定辦理。
- 第8條本署各職稱之官等、職等及員額，另以編制表定之。前項編制表列有官等、職等之人員，得就官階相當之警察或軍職人員及民國八十九年…
- 第9條本署與所屬機關人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。
- 第10條本署及所屬機關為應任務需要，所需人員得以兵役人員充任之。前項兵役人員，另以編組表定之。
- 第11條本法施行日期，由行政院以命令定之。本法修正條文自公布日施行。
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