專營電子支付機構應依代理收付款項總餘額，與管理銀行約定一定比例之金額，自管理帳戶或合作帳戶撥入清算帳戶；如有不足者，專營電子支付機構應於當日指示管理銀行補足，並適時評估前項約定比例之適當性，必要時應予調整。
專營電子支付機構應配合金融資訊服務事業作業機制，確保於跨行業務基金帳戶之款項餘額足以支應跨機構間支付款項帳務清算需要。