保護區有下列情形之一者，主管機關得提請審議會審議後，公告變更其範圍：
一、保護區因情事變更而改變。
二、為重大公共利益之所需。
保護區有下列情形之一者，主管機關得提請審議會審議後，公告廢止：
一、保護區內之水下文化資產悉已發掘出水或因其他原因而不復存在。
二、水下文化資產滅失、減損其價值無從恢復。
三、其他已無劃設保護區必要之情形。