本館掌理下列事項：
一、臺灣與周邊地區史前文化、原住民與南島語族相關之研究、典藏、遺址現地保存及學術交流合作之推動。
二、臺灣與周邊地區史前文化、原住民與南島語族相關之展示、教育推廣及出版。
三、館務規劃、館區興建營運、各項公共設施建設與維護、景觀規劃之統籌及管理。
四、委外業務監督、公共服務、志工組訓、票務管理及社教、藝文活動之企劃執行。
五、其他有關臺灣史前文化事項。