繳費人應於每年一月、四月、七月及十月之月底前，自行向中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納前季整治費，並依中央主管機關規定之格式，填具土壤及地下水污染整治費申報書後，檢具繳費證明，連同物質產生量統計報表或物質進口報單，以網路傳輸方式，向中央主管機關辦理申報。
但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。
前項申報，經中央主管機關審查，其結算不足者，應於次季補足其差額；溢繳者，充作其後應繳納費額之一部分。