土壤及地下水污染整治基金之來源如下：
一、土壤及地下水污染整治費收入。
二、污染行為人、潛在污染責任人或污染土地關係人依第四十三條、第四十四條規定繳納之款項。
三、土地開發行為人依第五十一條第三項規定繳交之款項。
四、基金孳息收入。
五、中央主管機關循預算程序之撥款。
六、環境保護相關基金之部分提撥。
七、環境污染之罰金及行政罰鍰之部分提撥。
八、其他有關收入。