第5條水污染防治費之費額計算公式如下：費額＝Σ﹝（費率×排放水質）i×排放水量﹞。一、i：指第六條第一項所定各徵收項目。二、排放水質：指依第十三條規定計算之排放濃度。三、排放水量：指依第十四條規定計算之水量。事業具備以煤為燃料，且使用海水去除燃煤排氣中硫氧化物之電力設施者，其排煙脫硫後放流海水（以下簡稱燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水）之水污染防治費徵收項目，包括總汞及硫氧化物，其硫氧化物之費額計算公式如下：費額＝排煙脫硫廢水排放之硫氧化物量×費率。