水污染防治費之開徵時間及徵收對象，規定如下：
一、自中華民國一百零四年五月一日起：
（一）畜牧業以外之事業。
（二）工業區專用污水下水道系統（含石油化學專業區、科學園區、農業生物技術園區及其他工業區等）。
二、自中華民國一百零六年一月一日起：畜牧業。
三、自中華民國一百零八年一月一日起：其他指定地區或場所專用污水下水道系統。