水污染防治費由中央主管機關考量直轄市、縣（市）主管機關下列水污染防治工作需求予以分配：
一、水污染防治績效考核計畫之考核結果。
二、水污染防治執行計畫。
三、其他經中央主管機關認定之方式工作需求。