第五組分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於指標生物及微生物等之檢驗標準方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於微生物製劑、環境衛生用藥之藥效測試等之檢驗標準方法研訂、修正及解釋事項。
（三）關於生物毒性測試標準方法之研訂、修正及解釋事項。
（四）關於環境樣品及毒性物質之生物毒性及致癌性測試之執行事項。
（五）關於生物濃縮累積毒素檢驗之執行事項。
（六）關於生物毒性、致癌性測試及累積毒素檢驗品質保證、品質管制之執行事項。
二、第二科：
（一）關於生物指標系統之建立、應用及推廣檢驗事項。
（二）關於使用生物指標偵測環境品質之執行事項。
（三）關於檢驗室安全衛生及環保制度之建立事項。
（四）關於本所安全衛生及環保之執行與查核事項。
三、第三科：
（一）關於微生物之執行事項。
（二）關於環境衛生用微生物製劑生物檢驗之執行事項。
（三）關於環境樣品微生物檢驗及微生物製劑生物檢驗品質保證、品質管制之執行事項。
（四）關於不屬本組其他各科之事項。