本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算；下設各醫療機構基金，編製附屬單位預算之分預算。
本基金以行政院衛生署（以下簡稱本署）為管理機關；隸屬本基金之各醫療機構作業基金以各該醫療機構為管理機關。