主管機關對於隔離醫院之人員訓練、演習、隔離病房之設施、設備購置及其維護費用，得酌予補助。
隔離醫院依前條規定啟動收治傳染病病人致影響營運時，中央主管機關得補助其與前一未被啟動年同期全民健康保險總醫療費用之差額。
但指揮中心成立超過一年者，得依指揮中心指揮官指示，補助其與指揮中心成立前一年同期全民健康保險總醫療費用之差額。
指揮中心成立期間，隔離醫院之專任感染管制人員，得酌給津貼補助。
前二項補助期間，以啟動當月起至啟動解除當月後三個月為止。