企劃組掌理事項如下：
一、傳染病防治相關法制、訴願及國家賠償。
二、傳染病防治政策與科技發展之規劃及考核。
三、防疫人員教育訓練之規劃及推動。
四、國際與兩岸防疫技術合作之規劃及推動。
五、其他有關企劃事項。