疫情中心掌理事項如下：
一、國內外傳染病疫情之監測蒐集、分析研判、報告及警訊發布。
二、傳染病通報系統之規劃、建置及執行。
三、民意、輿情之監測及回應。
四、防疫衛生教育宣導之規劃及執行。
五、疫情資料之加值應用。
六、傳染病流行病學專業人員之培訓。
七、疫情監測之研究發展。
八、其他有關疫情監測事項。