本署掌理下列事項：
一、全民健康保險政策之規劃、執行及相關法規之研擬。
二、全民健康保險承保業務之研擬、規劃及執行。
三、全民健康保險財務業務之研擬、規劃及執行。
四、全民健康保險醫療給付業務、醫療費用支付業務及醫務管理業務之研擬、規劃及執行。
五、全民健康保險藥品特材業務之研擬、規劃及執行。
六、全民健康保險醫療服務審查業務與醫療品質提升業務之研擬、規劃及執行。
七、全民健康保險資訊業務之研擬、規劃及執行。
八、全民健康保險資料之利用與管理。
九、其他有關全民健康保險業務事項。