農業主管機關得輔導農業合作社之方式如下：
一、輔導農業合作社提升國產農產品形象與價值、穩定產銷、保障社員權益及收益。
二、輔導農業合作社執行農業政策相關計畫。
三、協助農業合作社建立制度、培訓農業專業人才、辦理教育訓練、觀摩學習。
四、媒合學者專家或技師提供專業技術，建立業務經營管理制度，提升經營績效。
五、其他與農業合作社經營之相關事項。