申請捕撈合法證明書者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：
一、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
二、漁獲物或漁產品出口運輸單據影本；申請換發輸歐盟漁獲證明書用者，或作為向其他主管機關申請核發相關文件之來源合法證明，或作為採購、銷售合法漁獲物之證明者，免附。
前項申請經審查無誤後，發給捕撈合法證明書。