第39條大陸船員隨遠洋漁船進入境內水域前，仲介機構應填具申請書，並檢附依第三十七條第一項規定經中央主管機關備查之大陸船員名冊，向直轄市、縣（市）主管機關申請進入境內水域許可，經審查通過後，發給許可文件。直轄市、縣（市）主管機關應將前項許可文件之漁船船主、船名、大陸船員名冊及仲介機構、許可期限等資料，轉送當地海岸巡防機關備查。第一項許可期間，應以遠洋漁船進港之次日起七日為限。但該遠洋漁船將搭載原僱用大陸船員出海作業，經向直轄市、縣（市）主管機關申請核准展延許可期限者，不在此限。