高風險漁船，於主管機關通知該船經營者之日起，應遵守下列特別管理措施：
一、不得以漁船出租予他國人方式，進行漁業合作。
二、每航次出港，主管機關得指派觀察員隨船或要求安裝能正常運作之電子觀察設備。
但已搭載符合國際漁業組織規定之觀察員者，不在此限。
三、依第四章規定進行船位回報。
四、依第五章規定進行漁獲通報。
五、不得進行海上轉載。
六、港內轉載最遲應於預定轉載日前七日填具轉載預報表，向主管機關申請轉載許可。
七、港口卸魚最遲應於預定卸魚日前七日填具卸魚預報表，向主管機關申請卸魚許可。
八、港內轉載或港口卸魚，應接受主管機關或公正第三方派員執行查核。