畜牧處分設七科，各科掌理下列事項：
一、動物保護科：
（一）動物保護政策與法規之擬訂、釋示、聯繫、協調及督導。
（二）犬隻族群控制管理政策之擬訂、策劃及督導。
（三）動物收容管理政策與法規之擬訂、策劃及督導。
（四）實驗動物人道管理政策之擬訂、策劃及督導。
（五）經濟動物福利政策之擬訂、策劃及督導。
（六）動物管制業務之聯繫、協調及督導。
（七）動物福利之國際合作、人才培訓、科學研究及非政府組織輔導合作事宜之推動。
（八）其他有關動物保護事項。
二、家畜生產科：
（一）家畜生產政策之聯繫、協調及推動。
（二）家畜產銷計畫之擬訂、審議及督導。
（三）家畜生產科技引進與開發之研議、策劃及督導。
（四）家畜產品試驗研究與品質管制之策劃及督導。
（五）家畜生產所需種畜與相關產品輸出入之策劃及協調。
（六）家畜生產專業區之統籌策劃及督導。
（七）家畜與其產品行銷之策劃及督導。
（八）家畜生產所需資材規格與品質改進之策劃及督導。
（九）家畜生產自動化之研議及推動。
（十）肉品市場經營管理之策劃及督導。
（十一）畜牧生產政策之擬訂、聯繫、協調及會辦。
（十二）畜牧科技計畫之彙整。
（十三）其他有關家畜產銷事項。
三、家禽生產科：
（一）家禽產銷計畫之擬訂、審議及督導。
（二）家禽生產科技引進與開發之研議、策劃及督導。
（三）家禽產品試驗研究與品質管制之策劃及督導。
（四）家禽生產所需種禽與相關產品輸出入之審核及協調。
（五）家禽生產專業區之統籌策劃及督導。
（六）家禽與其產品運銷之策劃及督導。
（七）家禽生產所需資材規格與品質改進之策劃及督導。
（八）家禽生產自動化之研議及推動。
（九）家禽產品行銷及通路之建立。
（十）畜牧團體之督導及協調。
（十一）其他有關家禽產銷事項。
四、污染防治科：
（一）畜牧污染防治計畫及法規之擬訂。
（二）畜牧場設置污染防治設施之督導。
（三）畜牧污染防治技術開發與試驗研究之策劃及督導。
（四）畜牧生產專業區設置污染防治設施及辦理環境影響評估之督導等事項。
（五）畜牧再生資源再生利用之輔導及推廣。
（六）畜牧污染防治器材之開發、引進及管理。
（七）畜牧污染糾紛鑑定及協調事項。
（八）重要畜牧工程之研擬及配合事項。
（九）禽畜糞堆肥場營運管理與輔導之策劃及督導。
（十）其他有關畜牧污染防治事項。
五、牧場管理科：
（一）畜牧法與其子法規之擬訂、修訂業務會辦及釋示事項。
（二）畜牧場登記管理政策之擬訂、策劃及督導。
（三）農業用地容許作畜牧設施使用法規與案件之策劃及督導。
（四）飼料管理政策與法規之擬訂、釋示、聯繫、協調及督導。
（五）飼料與飼料添加物製造及輸入登記案件之處理。
（六）飼料與飼料添加物查驗、取締及進口飼料之追蹤查核。
（七）飼料與飼料添加物之供需調節及產銷輔導與調查。
（八）牧草與其資源開發利用之研議、策劃及督導。
（九）畜牧類農情、生產成本調查、物價查報、災害查報及救助。
（十）畜牧國際合作、人才交流及訓練事宜之推動。
（十一）家畜保險業務法規與計畫之擬訂、執行及督導。
（十二）其他有關畜牧場、飼料管理及畜牧農情調查等事項。
六、食品加工科：
（一）畜產品加工之研究發展策劃及督導。
（二）優良農產品標誌之策劃及推動。
（三）農產食品衛生之聯繫及協調。
（四）食品加工技術人員培訓與食品加工產業先進技術之研究發展及推動。
（五）關於食品加工廠設備、技術標準與管理規則之擬議及配合。
（六）農畜產食品技術國際交流及合作事項。
（七）本會食品工業研究發展會報業務之策劃及推動。
（八）有機畜禽產品管理事項。
（九）其他有關食品加工事項。
七、寵物管理科：
（一）寵物事業管理政策與法規之擬訂、策劃及督導。
（二）寵物繁殖、買賣、寄養管理政策與法規之擬訂、推動、協調及監督。
（三）寵物食品管理政策與法規之擬訂、推動、協調及監督。
（四）寵物用品、美容、生命紀念等新興產業管理政策與法規及其消費者保護之擬訂、推動、協調及監督。
（五）動物展演管理政策之規劃、推動、協調及監督。
（六）動物保護設施、寵物生命紀念設施管理之推動、協調及監督。
（七）其他有關寵物管理事項。