企劃處分設六科，各科掌理下列事項：
一、經濟研究科：
（一）農業發展研究計畫之審核及督導。
（二）農業經濟與政策問題之研究。
（三）農業開發計畫之個案經濟評估。
（四）國內外農業經濟資料之蒐集與分析。
（五）國內外農業經濟情況之分析與短期預測。
（六）協調及補助學術單位從事農業經濟研究。
（七）彙編與發行農政刊物。
（八）其他有關農業經濟研究事項。
二、企劃科：
（一）農業發展政策之研擬、協調及督導。
（二）中長期農業發展計畫方案之研擬、策劃及督導。
（三）政府重要經建計畫農業部門計畫之研擬、策劃與協調。
（四）本會年度施政方針與施政計畫之研擬、策劃及督導。
（五）本會施政報告之彙編及協調。
（六）農業發展計畫、方案與重要業務之追蹤考核。
（七）中央主管農業發展計畫之先期作業、策劃、審核協調及督導。
（八）其他有關農業企劃事項。
三、資訊規劃科：
（一）本會整體資訊發展目標及策略之研擬。
（二）新興資訊技術應用於農業之規劃與推動。
（三）安全農業資訊體系之規劃、協調與管理。
（四）農業資料庫之規劃、建置與維運事項。
（五）本會所屬機關資訊業務之審議、查核及輔導建置等事項。
（六）跨部會（機關）農業相關資訊業務之規劃、建置與協調事項。
（七）農業知識管理應用體系之規劃與推動。
（八）農業電子商務、行動商務之規劃與推動。
（九）協助本會及所屬機關業務相關資訊系統之規劃。
（十）稽核本中心資訊服務科負責業務之資訊安全等相關事項。
（十一）其他有關農業資訊規劃及推動事項。
四、資訊服務科：
（一）本會及所屬機關資訊安全管理與稽核事項。
（二）本會及所屬機關農業資訊網站營運之規劃與監督。
（三）本會及所屬機關機房共構及共同業務資訊化規劃。
（四）本會及所屬機關農業無障礙網路環境之規劃與推動。
（五）本會資訊與網路設備之規劃、採購及維運管理。
（六）本中心概、預算之彙編與控管。
（七）農業機構或農民團體業務資訊化之規劃及推動。
（八）農業資訊人才培訓計畫之規劃與推動。
（九）本會及所屬機關行政管理資訊系統維運及使用支援。
（十）稽核本中心資訊規劃科負責業務之資訊安全等相關事項。
（十一）本會及所屬機關公務用套裝軟體購置、租用、規劃及管理。
（十二）使用者資訊環境建置、問題排除與諮詢服務。
（十三）其他有關農業資訊服務事項。
五、農地利用科：
（一）農業發展條例及相關法令之擬訂。
（二）農業發展條例相關法令執行之協調、配合、督導及宣傳。
（三）農地利用法規、計畫之研擬、協調及督導。
（四）農地資源調查之統籌規劃、協調及督導。
（五）農地資源維護、管制或變更使用之策劃及督導。
（六）農業用地容許使用法規之研擬、協調及督導。
（七）農地資訊體系之規劃、建立及推動。
（八）農地利用之綜合規劃、協調及督導。
（九）農地租賃之策劃、督導及推動。
（十）農地賦稅之聯繫及協調。
（十一）國土規劃、區域計畫相關事務之聯繫、協調及配合（十二）其他有關農地利用事項。
六、計畫考核科（一）年度農業施政計畫及預算配置之管制考核。
（二）農業發展計畫與重要業務項目之績效評估及考核。
（三）農業管理計畫之績效評估及考核。
（四）農業部門中長程公共建設、擴大公共建設計畫績效評估及考核。
（五）受進口損害救助基金與農業發展基金重要發展計畫之績效評估及考核。
（六）本會重要經建計畫農業部門之管制考核。
（七）其他有關農業重要計畫管考事項。