會計室分設三科，各科掌理下列事項：
一、帳務科：
（一）本會公務預算收支與分錄轉帳傳票及付款憑單編製。
（二）本會月報表之編製。
（三）本會單位決算之編製。
（四）本會歲出應付款保留之審核、申請及分配預算之編製。
（五）行政院電子中心會計資訊系統之維護及溝通聯繫。
（六）中美基金預決算之籌編及各項會計業務之處理。
（七）農業特別收入基金預決算之審核彙編及各項會計業務之處理。
（八）農業作業基金預決算之審核彙編及各項會計業務之處理。
（九）農業特別收入基金及農業作業基金審計部抽查報告之彙復。
（十）其他臨時交辦事項。
二、歲計科：
（一）本會單位與主管概、預算之編製及所屬單位概、預算之審核。
（二）本會與所屬單位分配預算之編製及審核。
（三）所屬單位月報之審核及彙編。
（四）所屬單位決算報告之審核及主管決算之彙編。
（五）立法院審查預決算模擬資料之提供及溝通聯繫。
（六）所屬單位預（決）算執行問題之會核。
（七）公文之收發及檔案管理。
（八）綜合性其他臨時交辦事項。
三、稽核科：
（一）本會各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款與保留及執行情形查核。
（二）本會主管計畫經費處理相關作業規定之擬訂及解釋。
（三）本會各項補助、委辦計畫執行機關帳務之查核及輔導。
（四）本會單位預算各項業務經費之審核與預算控制及本會各項採購作業之監辦。
（五）農產品受進口損害救助基金預（決）算之籌編及各項會計業務之處理。
（六）審計部抽查各項計畫抽查報告之處理。
（七）本會主管農業財團法人與各農田水利會預決算之審核及監督。
（八）本會歷年由農建計畫經費設立之週轉金業務之管理。
（九）本會及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
（十）其他有關會計業務之處理。