秘書室分設五科，各科掌理下列事項：
一、公共關係科：
（一）立法院、監察院等機關之聯絡及協調事項。
（二）立法院、監察院等機關議事資訊與建言之蒐集分析及彙辦。
（三）立法院、監察院等機關關係文書之擬復及查核。
（四）農業法案及預算案立法程序之協調。
（五）立法院總質詢資料彙編及協調。
（六）其他有關國會聯絡事項。
（七）本會新聞之發布及聯絡。
（八）媒體與記者之聯繫及協助採訪。
（九）農業新聞與輿情資料之蒐集及分析。
（十）農業資料照片、幻燈片之蒐集、拍攝及建檔運用。
二、研究考核科：
（一）上級機關指示及交辦事項之列管追蹤。
（二）監察院糾正、調查案件之列管追蹤。
（三）本會委員會議、主管會報等重要會議之議事事項及會議決定、決議事項之列管追蹤。
（四）本會各項災害防救業務之彙整及列管追蹤。
（五）本會工程查核小組運作事項。
（六）本會提升為民服務品質業務之列管追蹤及考核。
（七）本會自行研究發展計畫之彙整及管考。
（八）本會出國人員報告之稽催及評核。
（九）本會公文稽催及管制。
（十）本會公報及中文年報之編輯及發行。
（十一）本會每月重要措施辦理情形之彙陳及成果彙編。
（十二）有關農業圖書相關事項。
（十三）其他有關研考事項。
三、事務科：
（一）營繕工程、物品器材、圖書文具與報表之採購、印製、分發及保管。
（二）辦公廳舍及財產之管理。
（三）車輛、油脂、車庫之管理調配及電話、水電之保養維護。
（四）辦公廳舍安全維護及警衛勤務執行之監督。
（五）技工、駕駛及工友之管理。
四、文書科：
（一）文書收發分配、繕校及檔案管理。
（二）印信典守事項。
（三）文書及檔案管理系統維護事項。
（四）公文檔案影像掃描及資料儲存事項。
（五）公文電子傳送及交換事項。
五、出納科：
（一）款項、票據與有價證券之收支、登記及保管。
（二）經費收繳及收支款項報表之編製。
（三）員工薪津及各項所得之發放。
（四）公款結匯及代扣款項彙辦。
（五）各類所得資料彙整、申報稅款繳交及扣繳憑單填發事項。