國際航空站、國際商港管制區域及其毗鄰地區管制範圍，經劃設為自由港區者，原在區內經營之事業，得檢附第三條第一項第一款至第三款規定之申請文件，向管理機關申請自由港區事業營運許可。
管理機關依前項規定受理營運許可申請後，應會同海關勘查前條第二項所列電腦連線設備實施營運、貨物控管、帳務處理等事項，並請自由港區營運機構參與。