船舶除責令停航外，停航時，船舶所有人應申請航政機關許可；復航前船舶所有人應申請航政機關施行檢查合格後，始得航行。
船舶停航期間不適用船舶檢查規定，船舶所有人應於申請停航時，將船舶檢查證書繳回航政機關。