自由港區事業之貨物輸往課稅區時，應依進口貨物或相關規定，課徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
但在自由港區經加工、製造、重整、簡單加工、檢驗、測試者，按運出港區時形態之價格，扣除自由港區內附加價值後核估關稅完稅價格。
自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。