本局設下列組、室：
一、規劃組，分六科辦事。
二、土木建築組，分六科辦事。
三、機電技術組，分六科辦事。
四、工程管理組，分六科辦事。
五、營運監理組，分六科辦事。
六、產管開發組，分五科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室，分二科辦事。
九、政風室。
十、主計室，分三科辦事。
十一、資訊室。
十二、法制室。