交通部鐵道局（以下稱本局）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
局長綜理局務，並指揮、監督所屬機關及人員；副局長襄助局長處理局務。
總工程司權責如下：一、工程部門文稿之綜核及代判。
二、工程部門機密及重要文件之處理。
三、工程部門各單位之協調及權責問題之核議。
四、工程部門重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本局設下列組、室：一、規劃組，分六科辦事。
二、土木建築組，分六科辦事。
三、機電技術組，分六科辦事。
四、工程管理組，分六科辦事。
五、營運監理組，分六科辦事。
六、產管開發組，分五科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室，分二科辦事。
九、政風室。
十、主計室，分三科辦事。
十一、資訊室。
十二、法制室。
規劃組掌理事項如下：一、鐵道運輸路網之研擬、策劃及推動。
二、鐵道工程建設計畫之研擬、審查、報核、協調、管制及考核。
三、鐵道工程建設計畫相關運務作業之研擬、規劃及審查。
四、鐵道工程建設計畫之財務規劃、預算籌編、財源籌措與調度、相關基金調度管理及民間參與策劃。
五、鐵道工程建設計畫環境影響評估之研擬、規劃、報核、協調及追蹤查核。
六、鐵道工程系統計畫噪音振動之評估。
七、鐵道工程技術文件之管理及鐵道相關業務資訊化之配合。
八、與國內外學術機構、營運機構、其他鐵道相關機構之技術合作及交流。
九、其他有關鐵道規劃事項。
土木建築組掌理事項如下：一、地質調查、地工、水土保持相關工程之規劃及審查。
二、土建相關工程之規劃及審查。
三、場站建築、公共藝術、景觀植栽相關工程之規劃及審查。
四、軌道、線形、測量相關工程之規劃及審查。
五、水電、環控、電梯與電扶梯、建築物管理系統相關工程之規劃及審查。
六、設計服務契約之委託、管理及鐵道系統兩側禁限建管制事宜。
七、工程沿線排水、管線、聯外道路相關工程之規劃及審查。
八、其他有關土木建築事項。
機電技術組掌理事項如下：一、鐵道系統技術、通用規格與國家標準之規劃、研議及推動。
二、鐵道產業發展事項之規劃、研議及推動。
三、系統安全、系統保證、系統整合之規劃、分析、技術研發及審查。
四、變電站、電車線、第三軌相關工程之規劃及審查。
五、號誌工程之規劃及審查。
六、通信、自動收費、旅客資訊設備、中央監控相關工程之規劃及審查。
七、列車與車輛、行李包裹處理設備工程之規劃及審查。
八、機廠維修設備、月台門、維修管理系統相關工程之規劃及審查。
九、切換作業之整合、協調及監督管理。
十、其他有關機電技術事項。
工程管理組掌理事項如下：一、採購招標、比（議）價、決標、簽約與招標期間之疑義及爭議受理。
二、工程品質政策擬定、品質管理制度訂定、品質保證稽核與施工查核業務之彙辦及品質訓練。
三、工程契約管理及施工督導。
四、職業安全衛生計畫擬定、查驗制度訂定與稽核業務之彙辦、教育訓練及宣導。
五、工程履約爭議處理。
六、局購料帳之管理及稽查。
七、其他有關工程管理事項。
營運監理組掌理事項如下：一、鐵道系統履勘作業及開始（停止）營運之審議。
二、鐵道系統行車運轉、行車人員技能體格之監督管理與列車駕駛執照之核發及管理。
三、鐵道系統旅客（貨物）運送之監督管理。
四、鐵道系統機車車輛檢修、土木建築、軌道、保安與防護、電信、電力及車站設備修建養護之監督管理。
五、鐵道系統營運、財務、安全管理與事故預防監督管理及事故調查。
六、鐵道系統災害防救緊急應變小組運作策劃、協調、執行、訊息彙整及發布。
七、鐵道系統附屬事業之監督管理。
八、督導鐵路機構辦理鐵道文化資產之管理及維護。
九、其他有關鐵道系統營運監理事項。
產管開發組掌理事項如下：一、用地規劃、都市計畫研擬與變更作業及開發許可之申請。
二、路權界樁與都市計畫樁之測設、指界、公告、測定及協調。
三、用地取得、補償預算之編擬及其相關基金之管理。
四、用地內地上物、墳墓之拆遷補償。
五、高速鐵路、大眾捷運、輕軌系統路權土地、帳務、財產管理、土地租金收支及第三人申請公共利益使用之審查。
六、高速鐵路、大眾捷運、輕軌系統土地開發之規劃、評估、行銷及投資協助。
七、高速鐵路、大眾捷運、輕軌系統土地開發計畫之研擬、報核與招商計畫之公告、評選及投資契約之簽訂。
八、高速鐵路區段徵收計畫執行與財務、資產之管理、土地標售及處分。
九、其他經管土地與資產之使用、收益、處分及經營管理事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本局與所屬機關辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。
四、本局與所屬機關辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
五、本局與所屬機關辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
六、國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬、執行及管考。
七、工友（含技工、駕駛）之管理。
八、本局災害防救之聯繫及安全防護。
九、不屬其他各組、室事項。
資訊室掌理事項如下：一、本局與所屬機關資訊服務規劃、建置、管理及推動。
二、本局與所屬機關資訊軟硬體、網路環境規劃、建置及管理。
三、本局與所屬機關資通安全規劃、建置及推動。
四、本局與所屬機關業務資訊化支援事項。
五、其他有關資訊業務事項。
法制室掌理事項如下：一、法令訂定、修正及廢止之法制審議。
二、業務行政涉及法令事務之協助及會辦。
三、法規疑義之研議及闡釋。
四、訴願案件之擬議。
五、其他有關法制及訴願事項。
本局處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。