第5條業務課掌理下列事項：一、商港設施經營管理事項。二、商港營運發展企劃事項。三、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。四、港埠業務費計收事項。五、商港服務費收取事項。六、旅客服務事項。七、客戶服務事項。八、勞工安全衛生管理、訓練宣導及職業災害處理事項。九、棧埠設施維護管理事項。十、棧埠業務調派申請事項。十一、其他交辦事項。