第5條管理課掌理下列事項：一、裝卸作業規劃、督導、協調及建議事項。二、裝卸作業事故處理事項。三、港區危險品裝卸作業技術人員登記建檔事項。四、貨櫃(物)裝卸量統計及效率分析事項。五、裝卸作業重大違規案件處理事項。六、國內航線貨物商港服務費案件處理事項。七、公民營拖駁船業管理事項。八、貨櫃碼頭設施出(退)租案件處理事項。九、貨櫃碼頭設施、機具維修保養事項。十、船舶貨物裝卸承攬業管理事項。十一、其他交辦事項。