副總臺長三人，襄助總臺長處理臺務。
副總臺長一人襄助總臺長處理本總臺各單位業務規劃協調及飛航情報、飛航管制、航空通信業務之督導、考核，其職責如下：
一、本總臺工作計畫之參與決定。
二、總臺長不在總臺時職務之代理。
三、重要會議之參加或代表總臺長出席。
四、各單位工作權責問題之協調與解決。
五、文稿之核閱、代判、會核及複核。
六、有關機密及重要文件之處理及分配。
七、飛航情報、飛航管制及航空通信單位工作推進之指導及其人員之派免、遷調、考核、獎懲之擬議及核簽。
八、總臺長交辦事項。
副總臺長一人襄助總臺長處理本總臺航電、資訊管理及器材供應等業務之督導、考核及協調，其職責如下：
一、本總臺施政計畫、工作計畫之參與決定。
二、有關重要會議之參加或代表總臺長出席。
三、文稿之核閱、代判、會核及複核。
四、有關機密與重要文件之處理及分配。
五、航電、資訊管理及器材供應單位工作推進之指導，權責問題之協調與解決及其人員之派免、遷調、考核、獎懲、督導之擬議及核簽。
六、總臺長交辦事項。
副總臺長一人襄助總臺長處理本總臺航空氣象與行政管理業務之督導、考核及協調，其職責如下：
一、本總臺施政計畫、工作計畫之參與決定。
二、有關重要會議之參加或代表總臺長出席。
三、文稿之核閱、代判、會核及複核。
四、有關機密與重要文件之處理及分配。
五、航空氣象及行政管理單位工作推進之指導，工作權責問題之協調與解決及其人員之派免、遷調、考核、獎懲、督導之擬議及核簽。
六、總臺長交辦事項。