中央主管機關得設置水資源作業基金，其用途範圍如下：
一、辦理水庫、海堤、河川或排水設施之管理及疏濬。
二、辦理水庫、海堤、河川或排水設施之災害搶修搶險。
三、相關人才培訓。
四、辦理回饋措施。
前項水資源作業基金之來源如下：
一、循預算程序之撥款。
二、中央主管機關興辦水利事業、水庫蓄水範圍、海堤區域、河川區域或排水設施範圍之使用費收入。
三、中央主管機關辦理水庫、河川或排水設施之疏濬，所得砂石之出售收入。
四、基金之孳息。
五、其他收入。