第三課置課長一人，其掌理事項如下：
一、農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗業務之推行及管理事項。
二、國內產銷及輸出與輸入農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗及技術服務事項。
三、農、畜、水產品及其加工調製食品委託試驗及特約檢驗執行事項。
四、配合總局執行農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗、品保、環管及產品驗證作業相關事項。
五、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
六、本課正字標記業務事項之執行及相關業務諮詢服務。
七、農、畜、水產品及其加工調製食品不合格之處理事項。
八、農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗及品質管制廠商諮詢答復事項。
九、檢驗（試驗）儀器、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。
十、農、畜、水產品及其加工調製食品檢（試）驗資料之搜集、整理、統計、分析事項。
十一、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十二、其他臨時交辦事項。