第三課置課長一人，其掌理事項如下：
一、農畜水產品暨其加工品及化工產品檢驗業務之推行及管理事項。
二、農畜水產品暨其加工品及化工產品檢驗及委託試驗事項。
三、農畜水產品暨其加工品及化工產品包裝檢查取樣標識及臨場檢驗事項。
四、農畜水產品暨其加工品之特約檢驗事項。
五、執行農畜水產品暨其加工品及化工產品等品保工廠及分等工廠之品保作業及輔導事項。
六、執行農畜水產品暨其加工品及化工產品驗證體系及產品標誌之推行事項。
七、本分局農畜水產品暨其加工品及化工產品正字標記、ＩＳＯ及國家標準業務之執行及相關業務諮詢服務。
八、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
九、儀器、設備、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。
十、辦事處有關業務之協調、聯繫及支援事項。
十一、本課主管業務之疑義、免驗查詢等事項。
十二、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十三、其他臨時交辦事項。