本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設各課室及水庫（壩、堰）管理中心如下：
一、水文課。
二、計畫課。
三、工務課。
四、品管課。
五、資產課。
六、經管課。
七、養護課。
八、鯉魚潭水庫管理中心。
九、石岡壩管理中心。
十、集集攔河堰管理中心。
十一、湖山水庫管理中心。
十二、秘書室。
十三、人事室。
十四、會計室。
十五、政風室。